Vào ngày 7 tháng 5 năm 2008, Phương Anh tổ chức đám cưới với chú rể là một doanh nhân đạo Hồi tên Mohammad Khan, anh hiện đang sống tại Thành phố Hồ Chí Minh, lễ cưới được Phương Anh âm thầm chuẩn bị và bất ngờ công bố với giới truyền thông vào phút cuối[8]. Trước đây cũng có nhiều thông tin cho rằng cô có quan hệ tình cảm với hai nhạc sĩ đang hợp tác với cô lúc đó là Anh Quân và Huy Tuấn, Phương Anh đã phủ nhận tin đồn này và cho rằng họ chỉ là bạn bè [2].